首先我们的总体思路是以科室（部门）为核算单位，效益优先，兼顾管理。
科室经济核算后，再通过医疗质量管理，护理质量管理，感染管理，患者满意度等等百分之百综合考核，来调整各科室应发绩效工资额。在正负激励机制作用下，达到医院经济高效，管理到位，员工积极性高，病员满意的综合目标。这就是医院绩效工资分配分案,设计思路一的出发点。
方案设计的原则包括以下几点：
1、效益优先性；这是反映医院效益与绩效工资分配的关系的问题。假若医院低效益，没钱发绩效工资，那么一切绩效工资管理就失去大前提。如果科室没效益或低效益，自己科室的成本费用都负担不了，凭什么发放科室绩效工资呢？所以医院的效益，科室的效益是绩效工资分配的首要问题。有了效益才谈得上绩效工资分配。
2、科室效益核算与医疗管理指标的结合。科室效益核算是第一位的，但是仅存在科室效益的核算，还远不能满足医院发展的要求，医疗市场客观环境的要求。医院的稳健持续经营，要求我们不但重视眼前效益，还应关注长远利益及医疗管理指标考核。
3、体现公平性；公平是相对的，不公平是绝对的。
4、绩效工资等级定位：
高 雪 次：临床科室（内科，外科，妇科，产科等直接对病人实施诊疗的科室）。
较高层次：医技科室 （B超，CT，MR，放射，化验等科室为临床提供检查结果的科室）。
低 层 次：后勤科室（总务，基建，食堂等）。
中间层次：医疗辅助科室（供应室，病检室等）、行政科室（院办，财务部等）。
