一、 开票税率不同
小规模纳税人常用的有 3% 征收率（销售与出租不动产类的征收率为5%），
一般纳税人的常用税率有 13% (如，销售货物、加工修理) 、9%（如，建筑服务、交通运输服务），6%（如，现代服务、生活服务）。
二、 进项抵扣不同
一般情况，小规模纳税人只能开具增值税普通发票，而且对方是不能抵扣进项税的。如需开具增值税专用发票，则需去税务局申请代开，对方只能抵扣3%的进项税额。
一般纳税人开具的增值税专用发票，对方可以按一般纳税人对应税率抵扣进项税额。一般纳税人开具的增值税普通发票，对方不能抵扣进项税。
三、 最高开票金额不同
小规模纳税人企业在连续12个月内的累计收入不能超过500万元，否则会被税务局强制升级为一般纳税人。
一般纳税人企业开票收入没有限制，具体最高开票金额以税局审批的发票限额与份数为准。
四、 增值税计算方式不同。
小规模纳税人增值税适用简易征收，增值税 = 销售收入*3%，（小规模纳税人无需考虑进项抵扣问题）
一般纳税人的增值税 = 收入×适用税率 – 进项税额 （一般纳税人需要进项抵扣，才能控制增值税的税负）
五、 增值税税收优惠政策不同
小规模纳税人季度收入不超过30万，可以享受小型微利企业优惠政策，免征增值税。
一般纳税人不能享受小型微利企业增值税优惠政策
六、 税局监管程度不同
税局对小规模纳税人的监督程度相对宽松，对一般纳税人监管程度比较严格，对企业账务与规范性要求更高。
七、 报税周期不同
小规模纳税人的增值税按季度申报。
一般纳税人的增值税则要按月申报，而且每月还需操作进项抵扣认证工作。
八、 代理记账费用不同
小规模纳税人代理记账费普遍稍便宜。
而一般纳税人代理记账费比较贵，因为工作量与专业性规范性要求更高。
