1.对收到的DNA样品进行检测，取2-3uL样品，用1%的琼脂糖胶检测，对于纯度不够(含RNA或蛋白)的DNA样品需要柱纯化后重新检测。
对于细菌基因组需要扩增16S全长序列，进行验证。对于噬菌体或者质粒样品，若用16S全长引物扩增，无目的条带则无细菌基因组污染，若出现目的条带则存在污染，需要去除后建库。
2.用Qubit检测DNA样品浓度。
3.吸取部分DNA样品，用TE或Elution Buffer稀释，终浓度在10ng/ul-30ng/ul之间，体积为130ul。用Covaris破碎，破碎时请根据需要片段大小，按标准操作流程操作。
4.样品足够多的情况下，可以取适量破碎后的产物进行PAGE胶或者琼脂糖胶检测。
5.对破碎后的产物进行柱式法(5倍体积的B3+100-200ul异丙醇)浓缩回收，加入50-100ul TE或Elution Buffer洗脱。回收产物用Qubit测值。
6.修平和磷酸化
100ul体系
DNA 1ug
5 X T4 polymerase buffer 20ul
BSA (5mg/ml) 2ul
ATP (100mm) 1ul
dNTP（10mm） 10ul
T4 DNA Polymerase (5U/ul) 1ul
Klenow（10U/ul） 1ul
T4 PNK (10U/ ul) 1.5ul
22°C反应20min，柱式法纯化,50-100ul TE洗脱。纯化后Qubit测值。
7.加‘A’
100ul体系
DNA 0.5-2.5ug
10 X klenow buffer 10ul
dATP(10mm) 1-3ul
Klenow(exon-)（5U/ul） 1-3ul
37°反应20min，柱式法纯化，50-100ul TE洗脱。纯化后Qubit测值。
8.连接头
200ul体系
10 X T4 DNA ligase buffer 20ul
PEG4000 30ul
ATP(100mm) 2ul
DNA X
接头 Y
T4 DNA ligase 1.5-2ul
加水至 200ul
DNA与接头的摩尔比约在1:3至1:10之间。
9.连接产物用柱式法纯化后，跑琼脂糖胶切割目的区域回收。
10.PCR扩增
10 X TagE buffer 5ul
Mg2+ 4ul
dNTP(10mm) 1ul
lib-PCR-F 0.5ul
lib-PCR-R 0.5ul
tagE 0.5ul
DNA 5ul
ddH2O 33.5ul
11.琼脂糖胶回收。
12.Qubit测值，总量足够的情况下，取3ul跑胶检测。
13.附录
T4 DNA Polymerase由于同时具有5'→3'DNA聚合酶活性和3'→5'DNA外切酶活性，可以用于将5'端突出末端补平或3'端突出末端削平。T4 DNA Polymerase的3'→5'DNA外切酶活性对于单链DNA要比双链DNA活性更高，即单链DNA要比双链DNA中的非配对链部分更容易被T4 DNA Polymerase所消化。
T4 DNA Polymerase的3'→5'外切酶活性比Klenow Fragment要高约200倍。
DNA 聚合酶I大片段 (Klenow片段) 是E. coli DNA聚合酶I的蛋白水解产物，具有DNA聚合酶活性和3' →5'核酸外切酶活性，但缺失了5' →3'核酸外切酶活性。Klenow既保留了全酶的高保真性，又不会降解DNA 5'末端。注意：由于该酶具有3' →5'核酸外切酶活性，升高反应温度、加入过量的酶、未加入dNTP或反应时间过长均会导致DNA末端碱基被切除形成凹陷。
T4 多聚核苷酸激酶能够催化磷酸在ATP的 γ-位和寡核苷酸链 (双链或单链DNA或RNA) 的5′-羟基末端以及3′-单磷酸核苷间进行转移和交换，1个Richardson单位，指37℃条件下，30分钟内1U催化1nmol酸不溶性[32P]掺入所需要的酶量 。
Klenow片段(3´→5´exo-)是大肠杆菌DNA聚合酶I的蛋白水解产物。它保留了DNA聚合酶活性，但失去了5´→3´外切核酸酶活性。该酶经突变(D355A, E357A) 去除了其3´→5´的外切核酸酶活性(1) 。1单位指在37°C条件下，30分钟内能使10nmol的dNTPs 掺入酸不溶性沉淀物所需要的酶量。注意：Klenow片段(3´→5´exo-)因去除了3´→ 5´外切酶的活性，故不适宜用于生成平末端的反应。当用于双脱氧法DNA序列测定时(3) ，建议用1unit/5μl反应体系。
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