在实际业务中，单位的通勤车辆难免会有车辆通行费，也就是俗称的高速费。但是财务在收到通行费发票时，有的发票显示3%税率，有的发票显示9%税率，甚至有的发票会显示不征税字样，通行费都按照经营租赁税目开具发票，为什么税率会不一样呢？下面将为您解答。
1、根据 财税【2016】36号文规定，公路经营企业中的一般纳税人收取2016年5月1日后开工的高速公路的车辆通行费，适用9%税率；2016年5月1日前开工的高速公路的车辆通行费，可以选择适用简易计税方法，减按3%的征收率计算应纳税额。
2、不征税发票在ETC充值或者通过政府还贷性收费公路时取得，左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”，不能用于进项抵扣。
注：政府还贷公路主要是各级政府的交管部门收费，经营性收费公路是企业来收费，所以取得的发票种类不同。
参考文件：交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部 财政部 国家税务总局 国家档案局公告2020年第24号）第二条
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