影响孕期亲子鉴定结果准确性主要有两个因素，一个是亲子鉴定机构的技术实力和检测标准，另外一个是被鉴定人自身的一些因素，比如半年内有输血行为等。
亲子鉴定机构影响孕期胎儿亲子鉴定结果的因素
1、亲子鉴定设备是否与国际同步
做亲子鉴定的设备，以前普遍用手工的银染法做亲子鉴定，这种做亲子鉴定的方法准确率低，人工参与程度高，样品容易被实验人员污染。但是这种方法有个最大的优点就是几乎不需要太贵的仪器设备，进入的门槛很低。现在国内有实力的亲子鉴定中心普遍采用的是美国ABI公司生产的DNA测序仪，采用毛细管电泳的方法，用荧光试剂盒来做，采用这样的设备做亲子鉴定可以非常准确，但是成本很高。
2、荧光试剂盒是否被过量稀释
另一些亲子鉴定机构，虽然采用了DNA测序仪的方法做亲子鉴定，但是过量的稀释荧光试剂盒，本来一个试剂盒核定的检验人数是200人，国内有的机构甚至可以做到500人，稀释检测试剂的后果很可能造成基因位点的丢失，所以检测结果也是非常容易出错误的。
3、所检测位点是否足够多
正规权威的鉴定机构所检测的是国家规定的20个基因位点，准确率在99.9999%以上，高精确检测为40个基因位点，准确率可达99.9999999%以上。非权威的鉴定机构做的是已经被业内淘汰的16个位点甚至更低，亲子鉴定的准确率自然就大打折扣了。
4、亲子鉴定机构是否正规
正规权威的鉴定机构实验室设备都是按照国际上的高标准配备，设备是最先进的，其资金来源由国家财政拨款，配备齐全；从事鉴定工作的法医师专业水平高，素质良好，按照法律、法规和规章规定的方式、方法和步骤，遵守和采用相关技术标准和技术规范进行鉴定。而非正规权威的鉴定单位都是私人企业出资购买实验设备和招聘人员，当然要尽可能的压缩成本，甚至购买一些二手的实验设备，亲子鉴定结果不同的原因自见分晓。
5、出现“否定”结果时是否多次复核
正规鉴定机构都是按照相关法规和国际惯例至少做两次实验，甚至多次复核；但是非正规的鉴定单位为了减少成本做一次就判定了，准确度当然欠佳，只能以低廉的价格招徕鉴定者。
被鉴定人自身原因影响孕期胎儿亲子鉴定结果的因素
1.半年内做过流产手术；
2.一年内有输血史或骨髓移植或异体细胞治疗的孕妇；
3.检测样本被外源污染。
