引物在线设计(干货分享:如何快速设计多条qPCR引物?)


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干货分享小伙伴们,新的一周已经开始啦,有没有从周末中复苏过来,今天首先让我们来了解一款快速设计多条qPCR引物的数据库。MRPrimer使用篇qPCR成为诊断检测等多种技术手段的有利工具,在一个实验中,往往我们要设计多条qPCR引物,在多条引物的设计过程中,我们需要考虑引物之间的干扰等多种问题,目前已知的多种引物设计工具有尚有很多不足,比如需要耗时的Blast 检测,缺少对引物进行排序等。来自韩国的科学家们,设计了MRPrimer在线计算工具,可以多快多次设计多条qPCR引物,是大家不可多得的好帮手。网址:http://mrprimerw.com/使用方法:


在基因名称中输入感兴趣的基因,并且选择 物种是人还是小鼠。


然后进入数据库检索阶段:


最终就可以得到我们感兴趣的qPCR引物,我们还可以点击观察不同的转录本:


原理篇



在目前已知的多种qPCR引物设计工具包中,比如primer3Plus,BatchPrimer,还有primer-Blast等,Primer3Plus主要是利用Primer3的计算核心,可以同时设计多个基因的qPCR引物,但是这个算法不能够去除off-target引物的误差,同时BLAST-primer方法非常耗时,不能够批量设计多种基因的qPCR引物,为了综合上面多种工具优点,科学家们开发了这个工具:





首先科学家们,从CCDS数据中获取输入的DNA序列







然后科学家们,设计了多个过滤参数,进行引物的设计。

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